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　　雖然我國的豬育種取得了相當大的成就，但也不可否認，國內種業水平與發達國家的差距還是客觀存在的。例如：國外先進育種水平大白豬的達100kg體重日齡可以達到148天，比我國生豬核心育種場種豬快15天;國外先進育種水平的大白豬產仔數能達到15頭，比我國生豬核心育種場種豬多2頭。而種豬生產水平的差距也反映出我國的種豬育種還存在一些問題，具體如下：

　　1.育種體系不夠完善。在我國的種豬育種體系方面，專業化的種豬公司還處于發展階段，聯合育種由于疫病、數據的可靠性、利益分配機制不暢等因素，進展緩慢。聯合遺傳評估由于條件還不夠成熟，只能進行單個場評估，數據積累還比較少，遺傳評估的準確性有待提高;遺傳評估服務、技術推廣服務效率還比較低。

　　2.新技術的應用滯后。國際上，上世紀80年代后期開始應用BLUP進行遺傳評估，準確性提高了30%以上，也加快了遺傳進展，特別是在繁殖性能的選擇上發揮了重要作用，我國在實際大規模應用方面落后了十多年。2012年，國際上開始實際應用基因組選擇，我國個別企業在2014年開始嘗試。2017年全國畜牧總站開始組織專家、企業組建我國的豬基因組選擇參考群，已經落后了國外5年。在表型自動化、智能化測定方面，我國雖然在技術上已走到國際前列，但是應用程度低，還沒有對育種形成實際貢獻。

　　3.測定基礎薄弱。我國生豬育種傳統上是表型選擇，從生豬遺傳改良計劃實施之后，種豬測定才逐步重視和規范?？傮w而言，我國種豬測定基礎非常薄弱，測定的數量少、性狀少，中心測定站容納能力有限，企業不能長期堅持測定。當前，我國種豬測定性狀主要為總產仔數，達100Kg體重日齡和背膘厚。15萬頭的核心群，平均每年場內測定僅30余萬頭，測定量為核心群的2倍。5個省部級種豬測定站，每年測定量約為2000頭。國際上種豬測定性狀10多個，甚至更多，每年測定數量是核心群數量的7-10倍，單個中心測定站年測定量在3000-6000頭。

　　4.育種投入少，持續性不強。動物育種投入大、風險高、見效慢。長期以來，企業投入動力不足。我國在動物育種上一直沒有專項經費支持，雖然每年有現代種業提升工程，但這是基本建設項目，不能用于選育、測定、新技術的應用等，育種的科技項目最近五年也沒有被列入國家計劃。

　　5.疾病威脅嚴重。我國豬的疫病復雜，生物安全狀況不佳，一些主要疾病還沒有得到凈化，疾病的反復感染和較差的健康狀況也影響了育種效果的發揮，甚至使幾年的育種工作前功盡棄。

　　6.地方豬資源的開發利用不足。我國地方資源豐富，肉質好、抗逆性好、耐粗飼，是生產特色豬肉的種源基礎，但普遍存在生長緩慢、屠宰率偏低、背膘較厚、瘦肉率低等缺陷，需要選育或雜交利用，目前更多的重視雜交，對選育重視不夠，遺傳的穩定性、產品的一致性需要提高。